Im Rahmen der Klimadiskussion wird auch der Beitrag der Nahrungsmittelerzeugung zunehmend kritisch bewertet. Als Maßstab werden dazu die sogenannten CO2-Footprints (CO2-Fußabdrücke) kalkuliert und bewertet. In dieser Messzahl werden die klimarelevanten Emissionen (zum Beispiel Methan, Lachgas, CO2) in sogenannte CO2-Äquivalente umgerechnet, aufsummiert und vergleichend gegenübergestellt.
Aus der Literatur sind dazu einige Werte bekannt, die auch zu einem Vergleich zwischen konventioneller und Ökoproduktion herangezogen werden könnten – unter anderem haben Defra (2006), Fritsche und Eberle (2007), Heißenhuber (2008) sowie Hirschfeld und Mitarbeiter (2008) entsprechende Vergleiche publiziert.
Bei derartigen Vergleichen ist aber immer zu beachten, dass die Höhe der CO2-Footprints zunächst von den berücksichtigten Systemgrenzen abhängt, zum Beispiel, ob bei der Milcherzeugung die Bereiche des vorgelagerten Maschinen- oder auch des Stallbaus berücksichtigt oder ob z. B. in der Legehennenhaltung oder Masthähnchenerzeugung die Emissionen der Elterntierhaltung einbezogen sind oder nicht. Daneben spielt die Bezugsbasis eine entscheidende Rolle. Möglich ist in der Fleischerzeugung beispielsweise der Bezug auf 1 kg Lebendmassezuwachs, 1 kg essbares Protein oder auch auf 1 kg „Schlachttierleerkörper“. Zudem spielt die Leistungshöhe bei der Bewertung eine wichtige Rolle. Mit steigenden biologischen Leistungen sinken beispielsweise die Emissionen von CO2 und CH4 in der Milchviehhaltung deutlich. So werden für die Rindermast je nach Produktionsintensität Werte in einer Spanne von 7 bis 36,4 kg CO2 Äq/kg Schlachttierleerkörper genannt. Bei Schweinefleisch beträgt die Spanne der Angaben von 1,8 bis 6,4 kg CO2 Äq/kg Schlachttierleerkörper.
Der Vergleich „Öko“ zu „konventionell“ lässt aufgrund der genannten Fragen und der noch sehr lückenhaften Datenbasis keinen eindeutigen Trend erkennen.
Die Wissenschaft empfiehlt darüber hinaus auch, von einem Vergleich verschiedener Produktionssysteme abzusehen und vielmehr Optimierungseffekte im Zeitablauf innerhalb eines Verfahrens, das heißt mit gleicher Methodik, zu bewerten.