Die Zwiebeln auf Ihrem Foto sind von einer Pilzkrankheit befallen, vermutlich vom Erreger Aspergillus niger (Schwarzfäule). Sie sollten damit befallene Zwiebeln auf keinen Fall verzehren. Sowohl die genannte Pilzart als auch andere Erreger bilden Giftstoffe (Mykotoxine), die die menschliche Gesundheit gefährden.
Um einen Befall mit Schadpilzen zu verhindern, werden Zwiebelbestände im konventionellen Anbau auf dem Feld in der Regel mit Pilzbekämpfungsmitteln behandelt. Die Ernte der Zwiebeln erfolgt bei möglichst trockener Witterung. Danach werden sie maschinell nachgetrocknet, um das Risiko von Fäulnis zu senken. Die Profis lagern die Zwiebeln bei einer Temperatur von 0 bis 2 °C und einer Luftfeuchte von 75 bis 85 %. Solche Bedingungen haben Sie in Ihrem Haushalt wahrscheinlich nicht zur Verfügung. Sie sollten die Zwiebeln aber zumindest kühl, dunkel und trocken lagern.