Die Auswirkungen des Möhrenanbaues auf den Humushaushalt des Bodens können anhand der in der Humusbilanz nach Cross Compliance verwendeten Humusbedarfswerte abgeschätzt werden. Möhren weisen demnach wie Mais eine Humuszehrung von 560 kg Humuskohlenstoff (Humus-C) je ha auf. Zum Vergleich: Kartoffeln haben einen Humusbedarf von 760 kg/ha Humus-C, beim Getreide liegt der Bedarf bei 280 kg/ha Humus-C.
Hohe Bedarfswerte einzelner Kulturen sind unproblematisch, so lange über die Fruchtfolge ausreichend Organische Substanz zurückgeführt wird, sodass am Ende die Humusbilanz ausgeglichen ist. Organische Substanz kann über nicht geborgene Erntereste (1 t Stroh liefert 100 kg Humus-C), den Einsatz organischer Dünger (z. B. Gülle, Stallmist, Kompost) oder den Anbau humusmehrender Kulturen (z. B. Feldgras, Zwischenfrüchte) zugeführt werden.
So ergibt sich eine ausgeglichene Humusbilanz, wenn in einer Anbaufolge mit einem Drittel Möhren und zwei Dritteln Getreide das Stroh auf der Fläche verbleibt. Wird in einem Jahr das Stroh verkauft, könnte über eine Stallmistgabe in einer Größenordnung von 200 bis 250 dt/ha ein Ausgleich der Humusbilanz über die Fruchtfolge erreicht werden. Wenn sämtliches Stroh in dieser Fruchtfolge geborgen wird, wäre neben der Stallmistgabe zusätzlich der Anbau einer Gründüngungszwischenfrucht angeraten. Schwieriger ist eine ausgeglichene Humusbilanz zu erreichen, wenn neben den Möhren noch andere stark humuszehrende Kulturen wie Silomais oder Kartoffeln angebaut werden. Der Anbau von CCM- oder Körnermais bringt im Gegensatz zum Silomais über die Erntereste viel Humus in den Boden. Körnermais schneidet bei einem Ertragsniveau von 100 dt/ha trotz der starken Humuszehrung des Anbaues von 560 kg/ha Humus-C nach Anrechnung der Humuslieferung durch die Erntereste in der Summe mit einem Humusbilanzüberschuss von 440 kg/ha Humus-C ab.
