Theoretisch können alle eiweißhaltigen Tierkadaver, die in die Silage gelangen, dazu führen, dass die Silage für Pferde Probleme bereitet oder sogar zur Gefahr wird. Hier ist vor allem der sogenannte Botulismus gemeint, der dann entsteht, wenn die Silage nicht schnell genug sauer vergärt (also ihren erstrebten pH-Wert erreicht) und es dadurch zur Vermehrung von Clostridium botulinum kommt. Dieses Bakterium produziert das Botulismus-Toxin, das die Signalübertragung von Nervenzellen hemmt und eine muskellähmende Wirkung hat. Botulismus beim Pferd äußert sich in Lähmungen und schweren Koliken.
Clostridien leben in der Erde und vermehren sich gut unter Luftabschluss. Wird das Mähgut zu dicht an der Bodenoberfläche abgeschnitten, können Clostridien-haltige Erdanteile in die Silage gelangen. Sind dann Tierkadaver (etwa Vögel, Mäuse, andere Kleinsäuger oder auch Schnecken) in der Silage enthalten und geht die Einsäuerung der Silage zu langsam voran, besteht die Gefahr einer Kontaminierung mit den Clostridien und dadurch auch mit dem Botulismus-Toxin.
