Bei der Lagerung von Holzpellets kann es durch die sogenannte „Autooxidation“ von freien Fettsäuren im Holz zu einer Emission von Kohlenmonoxid (CO) kommen – die mögliche Konzentration von CO aus Holzpellets ist allerdings weitaus niedriger als zum Beispiel im Rauchgas von Holzfeuerungen. Deshalb wird empfohlen, die Lagerräume gemäß den gemeinsamen Empfehlungen des Deutschen Energie Pellet Verbandes (DEPV) und des TÜV Rheinland zu konzipieren. Das entsprechende Merkblatt kann unter www.depv.de aus dem Internet heruntergeladen werden.
In jedem Fall gilt jedoch: Der Lagerraum ist kein Spielplatz – das Pelletlager darf nur nach ausreichender Lüftung und vorher abgeschalteter Heizungsanlage betreten werden. Die genannten Unfälle beim Begehen von Pelletlagern großer Heizanlagen mit über 150 t Lagerkapazität sind auf das Einströmen von Rauchgas in die Pelletlager zurückzuführen.