Gebeiztes Saatgut (egal von welcher Kultur) ist wie ein unbrauchbar gewordenes Pflanzenschutzmittel (etwa Zulassung abgelaufen) zu sehen und muss als Sondermüll entsorgt werden. Die Entsorgung hat dabei ordnungsgemäß im Rahmen der kommunalen Vorgaben zu erfolgen. Wer also Betriebsstoffe wie unbrauchbare Pflanzenschutzmittel, belastetes/gebeiztes Saatgut, Beizen usw. zu entsorgen hat, sollte sich daher mit seinem örtlich zuständigen kommunalen Entsorgungsträger in Verbindung setzen, damit alles richtig abläuft.
Weiterhin bietet die deutsche Pflanzenschutz-Industrie im Industrieverband-Agrar in einigen Bundesländern über das PRE-System (Pflanzenschutzmittel Rücknahme und Entsorgung) die Rücknahme und Entsorgung unbrauchbarer Pflanzenschutzmittel und anderer Chemikalien aus der Landwirtschaft an. Die Rücknahmeaktion läuft aber nicht kontinuierlich, sondern ist zeitlich in den Sammelregionen auf den November begrenzt. Informationen über die jeweiligen Sammelstellen und Termine werden in den verschiedenen Fachmedien bekanntgegeben. Für die Rücknahme wurde in den vergangenen Jahren eine Gebühr von 2,75 € pro kg bzw. l zuzüglich MwSt. erhoben.
Bei der Festlegung der jährlichen Sammelstellen erfolgt aus logistischen Gründen eine Schwerpunktsetzung, die sich an einem ermittelten Entsorgungsbedarf orientiert. Der Bedarf wird in jedem Jahr neu festgestellt und die Sammelorte werden danach bestimmt. Bei der Festlegung von zukünftigen Sammelorten kann jeder über die Meldung (kostenlose Hotline 08 00/3 08 60 01) seines Entsorgungsbedarfs mithelfen.