Topinambur ist erntereif, wenn das Kraut braun wird. Die Haupterntezeit ist der Herbst. Grundsätzlich können Sie die Knollen aber das ganze Jahr ernten. Wie Sie selbst beobachtet haben, lässt sich Topinambur nicht gut lagern. Typisch für die Knollen ist, dass sie rasch braun werden und vertrocknen. Am besten ist es daher, den Topinambur nur bei Bedarf zu ernten. Die Knollen sind sehr frostresistent und halten bis zu –15 °C aus. Um auch bei tiefen Temperaturen an die Knollen zu kommen, sollte der Boden mit Stroh oder Heu abgedeckt werden.
Verlängern lässt sich die Lagerzeit, wenn Sie einige Knollen mitsamt Erde in einem Kübel kühl aufbewahren. Auch können Sie die Knollen einige Tage in den Kühlschrank oder in den kalten Keller legen. Dabei empfiehlt es sich, sie ungewaschen aufzubewahren und erst vor dem Verarbeiten die restliche Erde abzuwaschen.
Für eine längere Lagerung können Sie Topinamburknollen bis zu drei Monate in Sand einschichten. Dabei sollten Sie die Knollen nicht waschen, sondern die Erde per Hand entfernen. Achten Sie darauf, die langen, dünnen Wurzeln nicht abzureißen. Die Knollen geben Sie in eine mit Sand gefüllte Kiste und bedecken sie mit ungefähr 5 cm Sand. Die Kiste lagern Sie im Keller kühl und dunkel.