Vor der Verpachtung ist der Hof wahrscheinlich aktiv bewirtschaftet worden. Mit Verpachtung der Flächen hat sich der aktiv bewirtschaftete Betrieb in einen ruhenden umgewandelt. Ob in Ihrem Falle von einer parzellenweisen Verpachtung gesprochen werden kann, die zur Entnahme der Flächen geführt hat, müsste man anhand der abgeschlossenen Pachtverträge gesondert prüfen.
Nach einer früheren Sichtweise der Finanzverwaltung stellte die parzellenweise Verpachtung in der Regel eine Betriebsaufgabe dar. Die Grundsätze für die parzellenweise Verpachtung finden nach herrschender Meinung auch dann Anwendung, wenn die Hofstelle zurückbehalten und die landwirtschaftlich genutzten Flächen nicht verschiedenen Landwirten, sondern nur einem Pächter überlassen werden. In derartigen Fällen stimmte die Finanzverwaltung auf Antrag einer Betriebsfortführung zu, wenn die parzellenweise Verpachtung eine lediglich auf besonderen Umständen beruhende, vorübergehende Maßnahme war und der Pächter die Absicht hatte, den Betrieb später wieder aufzunehmen.
Demgegenüber hat der Bundesfinanzhof (BFH) entschieden, dass eine Fortführungserklärung nicht erforderlich und keine Betriebsaufgabe gegeben ist, wenn die wesentlichen Grundlagen des landwirtschaftlichen Betriebes in ihrer bisherigen Form erhalten bleiben. Daraufhin hat die Finanzverwaltung ihre Auffassung geändert und eine Übergangsregelung verfügt. Bei Beginn der parzellenweisen Verpachtung vor der Veröffentlichung des einschlägigen BFH-Urteils am 15. April 1988 soll die Änderung der Verwaltungsmeinung nicht dazu führen, dass Betriebe, die nach der alten Verwaltungsauffassung mangels Abgabe einer Fortführungserklärung als aufgegeben zu behandeln waren, nachträglich wieder zu bestehenden Betrieben werden. Im Ergebnis sollte es grundsätzlich bei der Betriebsaufgabe verbleiben, es sei denn Sie bzw. Ihre Rechtsvorgänger haben nach Beginn der Verpachtung die Pachteinnahmen als Einkünfte aus Land- und Forstwirtschaft erklärt bzw. dem Finanzamt mitgeteilt, dass der landwirtschaftliche Betrieb noch besteht.
Nach alldem ist unklar, ob Ihr gesamter Betrieb dem Privat- oder Betriebsvermögen zuzuordnen ist. Es stellt sich trotzdem die Frage, ob der Wohnhausverkauf Steuerzahllasten auslöst. Ab dem Kalenderjahr 1987 ist die Besteuerung des Nutzungswertes der Betriebsleiter- bzw. Altenteilerwohnung weggefallen. Mit dem Wegfall endete die Zugehörigkeit der Wohnung und des dazugehörigen Grund und Bodens zum Betriebsvermögen. Die Betriebsleiter- bzw. Altenteilerwohnung gilt mit dem zugehörenden Grund und Boden zu dem Zeitpunkt als entnommen, bis zu dem der Nutzungswert letztmals besteuert wurde.
Lagen die Voraussetzungen für die Nutzungswertbesteuerung auch am 31. Dezember 1998 vor, weil etwa zuvor ein Antrag auf Wegfall der Nutzungsbesteuerung nicht gestellt wurde, hätten Sie die Betriebsleiterwohnung (steuerfrei) zum Ende des Kalenderjahres 1998 entnommen. Dann wäre der Verkauf heute steuerfrei.